- 演題
CellposeとImageJを使った画像解析の手順を学ぼう!2023年11月10日(金)に初心者向けのImageJセミナーを行います。
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- 概要
- ●ImageJでAIを使った画像解析にチャレンジしたい人●2Dでの細胞や組織や電顕などのセグメンテーション(形態分離)で困ってる人●ノートパソコンでAI(deep learning)を試してみたい人そんなお悩みをお持ちの方にオススメのセミナーです。今回の「ImageJ 画像解析基礎講座 オンラインセミナー」では、Cellposeによるセグメンテーション(形態分離)を使用したImageJでの画像解析方法をご紹介します。Cellposeは深層学習(deep learning)アルゴリズムを用いた細胞画像解析ソフトウェアです。Cellposeで対象物を認識した後に、ImageJでカウント、面積、蛍光輝度などを計測する方法を、できるだけ初心者でもわかるようにご説明していきます。
使用するソフト : ImageJ Fiji ( http://fiji.sc/)
: Cellpose (https://www.cellpose.org/)
: LabelsToROIs(https://labelstorois.github.io/)
また今回のセミナーに参加するにあたって、事前にPCへ「Cellpose」をインストールし、ImageJに「LabelsToROIs」というプラグインをインストールしておく必要があります。それぞれの方法については下記動画をご参考にしてインストールを行ってください。
(※インストールに関しましては、以下の動画でわかりやすく解説しています。大変申し訳ありませんが、インストールの判断は、ご自身の責任でお願い致します)
インストール方法
Cellposeのインストール方法 https://www.cellpose.org/
・Cellposeは、Pythonというプログラム言語で作成されています。そのPytohnを動作させるために、まずAnacondaというソフトウェアをダウンロードします。この動画は、Anacondaをインストールした後、Cellposeをインストールするまでの手順を解説しています。
LabelsToROIsのインストール方法 https://labelstorois.github.io/
・LabelsToROIsは、ImageJのプラグインです。Cellposeで作成された画像をImageJに取り込むために必要なものになります。この動画は、LabelsToROIsをダウンロードしてImageJで動作させるまでの手順を解説しています。
事前に知っていると便利な機能 : ROIManger、Analyze Particles
以下のWebページもご参考ください。
ImageJ Fijiで始める画像処理の使い方 第2回 -ファイルを読み込んで二値化から解析結果を出力する|ブログ|顕微鏡のライカ・体験ラボ (leica-microsystems.com)
本セミナーの目標
Cellposeを使ってAIセグメンテーションをした後、ImageJで画像解析を行い、以下の画像のように、認識したいところを分離して解析できるようになることを目指します。
(左:Cellposeによる認識されたデータ 右:Rawデータ)
- 受講対象
研究者の方、研究・開発職の方
少しImageJで画像解析を使ったことがある方
- 講師
鶴巻 宣秀(ライカマイクロシステムズ株式会社ライフサイエンス・リサーチ事業部)
- 日時
※各回ともすべて同じ内容になります。
2023年 5月30日(火) 10:00~11:00 / 13:30~14:30 / 15:30~16:30
- お申し込み締切
2023年 5月29日(月)
- 参加費
無料
- お申し込み
-
Zoomウェビナーで実施いたします。
お申込みに際しては、下記リンクよりプライバシーポリシーのご確認をお願いいたします。
Leica Microsystemsのプライバシーポリシーいずれかの時間帯のリンクからご参加登録をお願いします。※定員は、各回200名です。定員になり次第締め切ります。
2023年 5月30日(火)
10:00~11:00
https://us02web.zoom.us/webinar/register/WN_eDlVP-OpRiy_mI0qacLmSg
13:30~14:30
https://us02web.zoom.us/webinar/register/WN_ZNaBSaxfS82ssxxtsR0iHg
15:30~16:30
https://us02web.zoom.us/webinar/register/WN__qna64izR_awNGr8-SHqnQ